《石河子大学学报（自然科学版）》前身为1975年石河子农学院编辑出版的《兵农科技》（油印本），1976年更名为《科技通讯》（铅印本）。后在出版《科技通讯》40期的基础上，于1983年创刊编辑出版了《石河子农学院学报》。1985年获得ISSN中国国家中心分配的国际标准连续出版物号ISSN 1000-2855，1997年5月变更为ISSN 1007-7383。
1986年经新疆维吾尔自治区文化厅进行了期刊登记，获准编辑出版，批号新字第872号，1988年变为新疆维吾尔自治区期刊登记证第872号。
1986年获取美国国际CODEN中心分配的国际期刊刊名CODEN代码：SNOXEQ，1997年变更为SXZKFB
1994年1月获批《石河子农学院学报》国内统一刊号CN 65-1161/S，国科通[1994]5号文，季刊，80页。
1997年1月经新疆维吾尔自治区出版局批准，《石河子农学院学报》更名为《石河子大学学报（自然科学版）》（国科发信字[1997]019号文），国内统一刊号变更为CN 65-1174/S，2000年变更为CN 65-5009/N，2007年变更为CN 65-1174/N。
期间，1983年和1987年为年刊，1984－1986年、1988－1989年为半年刊，1990－1991年每年3期，1992年改为季刊。经新疆维吾尔自治区新闻出版局批准，2001年学报页码增至94页，2004年由季刊变更为双月刊，2005年页码由92页增至132页。
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