本刊是目前国内唯一的胃肠外科专业性学术期刊。1998年创刊，1999年正式公开发行。2000年加入国家统计源期刊并由中国科协主管，跻身于中华医学会系列杂志行列，2001年第一期始更名为《中华胃肠外科杂志》。2003年由季刊改为双月刊。2005年2月在美国国立图书管“文献选择技术评审委员会”的评审中获得“verygood"的评价，同年3月被MEDLINE数据库正式收录（目前为止，我国外科类医学期刊只有两本进入该数据库，另一本是《中华外科杂志》）。
办刊宗旨是全面系统地反映我国胃肠外科领域的学术动态和国内外最新进展，促进我国胃肠外科的学科发展和学术交流。2007年中华医学会与万方数据携手推动医药信息服务，本刊电子版已独家授权万方数据来实现其数字化服务推广。
专题述评、专题论坛、述评、专家笔谈、专题论著、论著、临床报道、病例报告、临床思维与训练、诊治指南、文献综述、医学信息
中国优秀期刊遴选数据库、北大图书馆收录期刊、中国科技期刊优秀期刊
1、论文要求选题新颖、内容健康、观点鲜明、资料真实，具有较强说服力和实用性。
2、本刊投稿请一律用电子稿件必须采用Word格式，在题目下边写清作者姓名、职务职称、单位、邮政编码、联系电话。每篇论文要求必须注明：摘要、关键词。
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